La previsión climatológica se cumplió y la lluvia llegó. Llegó como acostumbra a hacerlo en el país nipón, con mucha fuerza. Pronto las alcantarillas comenzaron a expulsar agua en lugar de tragarla y los ríos comenzaron a cruzar la pista, por lo que dirección de carrera comenzó los segundos entrenamientos libres del Gran Premio de Japón anunciando un retraso indefinido del comienzo.
El reloj no dejó de avanzar mientras dirección de carrera sacaba el coche de seguridad a pista cada 15 minutos para comprobar el estado de la pista hasta que a falta de 45 minutos para el final de la sesión, Charlie Whiting permitió que los vehículos salieran a pista, si bien los vehículos se lo tomaron con calma, pues entre la escasez de neumáticos, el mal estado de la pista y la previsión de carrera en seco, nadie quería tomar riesgos.
Kimi Raikkonen rompió el silencio en pista si bien fueron los Force India los primeros en marcar vuelta cronometrada. Los únicos que lo hicieron junto a los Williams y a Lewis Hamilton en una sesión que acabó con solo cinco tiempos cronometrados con Lewis Hamilton en primera posición un tiempo de 1’48’’719, superando en ocho décimas a Esteban Ocon y en 2,6’’ a Sergio Pérez. Por detrás, Felipe Massa y Lacen Stroll, siendo el canadiense el protagonista del gran susto de la sesión tras tener una salida de pista en la primera curva, exprimiendo al máximo las escapatorias del circuito y quedándose a centímetros del muro.
Del resto de pilotos, apenas dieron una o dos vueltas de instalación antes de regresar a boxes, mientras que Daniel Ricciardo, Romain Grosjean, Pirre Gasly, Max Verstappen y Valtteri Bottas decidieron no salir a pista. Tampoco salió Kevin Magnussen, pero en su caso ayudó que se detectara un fallo en el Haas, que estuvo desmontando durante toda la sesión. Quién sí salió fue Carlos Sainz, comprobando que el Toro Rosso tenía todo en su sitio tras el accidente de la primera sesión. El piloto español completó una única vuelta en una sesión donde Hamilton y Stroll fueron los que más rodaron con solo cuatro vueltas.
